케플러는 1630년 노상에서 급사할 때까지 거의 평생을 병약한 몸, 빈곤, 가톨릭으로부터의 핍박, 그리고 전쟁 속에서의 피난 등에 시달려야만 했다. 그러나 그는 끈질기게 연구를 계속하여 최초로 코페르니쿠스의 지동설이 옳다는 사실을 수학적으로 밝히는 등 현대 과학의 발전에 결정적인 기여를 하였다. 만일 그가 아니었다면 천문과학의 진보는 한 세기가 지체되었을지도 모른다는 말이 있을 정도이다.

케풀러는 이런 가운데서도 연구를 계속하여 ‘스티푸트슈레’학교의 유명한 학자가 되었지만 철저한 개신교도였던 그는 구교(가톨릭)로 개종하지 않는다는 이유로 추방당해 거의 무일푼으로 가족을 데리고 그라즈오로 피난하였다.

그런데 그것이 전화위복이 되어 그는 당시 황실 수학자였던 티코를 만나게 되었다. 그리고 티코의 사후에는 황실 수학자가 되어 황실의 모든 자료를 이용하여 천문학 연구에 박차를 가하게 되었다.
그는 이 사건들 속에서 하나님의 함께 하심을 인식하였고 이렇게 고백하였다. “하나님은 피할 수 없는 운명으로 나를 티코와 묶어 주셨고, 가혹한 시련 속에서도 그와 끊어지지 않도록 인도해 주셨다.”

그는 이후에도 여러 가지 시련을 겪었지만 언제나 유머감각과 오직 하나님만 믿는 믿음을 잃지 않았다고 역사가들은 전하고 있다.
그가 우주론에 대한 연구를 마쳤을 때 이 연구에 대해 “신성한 설교요, 창조주 하나님께서 받으실 만한 찬송”이라고 고백하였다. 그는 늘 우주의 건축자이신 하나님께서 지구를 어떻게 설계하시고, 움직이게 하셨는가에 대해서 알려고 노력하였다.

케풀러에게 이런 일화가 있다. 그가 태양계의 모형을 만들었는데, 이것은 수성, 금성 등의 행성이 정확한 질서에 따라 움직이도록 고안된 것이었다. 이 모형을 시운전하는 날 무신론자인 친구가 물었다. “정말로 놀랍군. 우주의 움직임을 어떻게 이렇게 정밀하게 계산해 낼 수 있단 말인가?”
그러자 케풀러가 대답했다. “이런 장치를 만드는 것은 별거 아니라네. 우연히 만들어진 것이야. 어찌어찌하다보니 이렇게 만들어진 거란 말일세.”

그 말을 들은 무신론자 친구는 케풀러가 한 말의 참뜻을 깨닫게 되었다고 한다. 케풀러가 한 말의 뜻은 한낱 사람이 만든 우주 모형도 저절로 생겨날 수 없고, 케풀러와 같은 천재가 아닌 사람은 만들 수 없는 놀라운 것이라면, 실물 우주가 우연히 만들어졌다는 것은 있을 수 없다는 뜻을 담고 있었던 것이다.

케풀러는 평생을 하나님께서 창조하신 우주와 그 우주 속에서 섭리하시는 하나님의 뜻을 밝히기 위해 헌신한 믿음의 사람이었으며, 역사를 바꾼 천문학자였다.