기독교인들은 신사참배가 하나님의 계명을 어기게 되는 것이라는 사실 외에도 우리 민족을 황국신민화하려는 일제의 계책임을 간과할 수 없었기 때문에 거칠게 반항하였다. 그러나 일제의 탄압이 심해지자 신사참배 강요가 교회로서는 도저히 감당키 어려운 문제로 대두되었다.

신사참배가 하나의 국민적 의례로서 정치적 의미만 가지고 있는 것인지 아니면 종교적 성질을 동시에 포함하고 있는지, 또 설사 종교적 행위라 할지라도 교회를 폐쇄시키면서까지 참배에 거부할 까닭이 있는지 없는지 분별할 수 없어 여러 가지로 혼란스러웠다.

일제는 계속해서 교회의 목을 죄어 왔다. 엉뚱한 혐의로 신사참배 반대자들을 구속하기 일쑤였고, 집회마다 쫓아다니며 감시하였다. 신사참배를 하지 않거나 신사참배를 거부하도록 주장하는 교회를 폐쇄하고, 목사로 하여금 신사참배 설득강연을 시키기도 하였다.
이에 신사참배 반대운동은 산발적으로 곳곳에서 일어났지만 큰 효과를 얻지 못한 채 교회들이 우상 앞에 굴복하기 시작했다. 결국에는 장로교회의 각 노회가 신사참배를 결의하기에 이르렀고, 어용교회가 되어 믿음의 지조를 지키고자 하는 목회자들과 교회를 괴롭혔다.

이러한 때 주기철 목사는 신사참배 문제가 곧 전국의 모든 교회에 시련을 안겨다 주게 될 것임을 직감하면서 신사참배 문제가 우리 자신의 신앙의 절개와 관련된 일임을 깊이 상기시켰다.

그리고 더욱 일사각오의 신앙을 강조하였다. "예수를 환영하던 때도 지나가고 수난의 때는 임박하였나니 물러갈 자는 물러가고 따라갈 자는 일사(一死)를 각오하고 나서라. 망하여 가는 예루살렘성에 눈물의 자취, 겟세마네 동산의 피땀 어린 자취를 남기신 예수님처럼, 우리도 그와 같이 일보 이보 눈물과 땀방울의 자취를 걸어야 할 것이며, 골고다에 흘리신 피의 자취를 따라 우리도 이 피의 자취에 엎디어 이 몸을 십자가의 제단에 드려야 한다." 이처럼 그의 신사참배 반대운동이 대외적으로 표면화되자 그는 곧 감시인물이 되어 피해 다녀야 했다.

주기철 목사는 머지않아 주의 제단에 몸을 바쳐야 할 때가 올 것이라 예감했다. 그는 일제에 신사참배 반대자로 눈의 가시가 되어 툭하면 구속되었다. 이때의 고문은 자백을 받기 위한 고문이 아니라, 살인적인 만행이었다. 훈련용 검으로 닥치는 대로 후려쳤고, 그를 천정에다 매달고 채찍질을 수도 없이 했다. (계속)